DefenseFinder met à disposition une base utile pour explorer les défenses antivirales des bactéries, un champ qui intéresse en amont l’immunologie clinique par son lien conceptuel avec le microbiote. Sa page « RefSeq predicted DB » recense des familles d’opérons antiphages classées comme « validated » lorsqu’au moins un gène est reconnu par DefenseFinder, ou « predicted » dans le cas contraire.
L’outil permet de filtrer les familles par cluster, domaine Pfam ou scores de prédiction, avec visualisation UMAP et export des sous-ensembles. Plus largement, la ressource DefenseFinder couvre désormais 152 systèmes antiphages et s’impose comme un point d’entrée solide pour suivre l’immunité antivirale bactérienne.
Pour l’allergologue, l’intérêt reste indirect mais réel : mieux comprendre les interactions bactérie-phage qui peuvent participer à l’équilibre du microbiote et, en arrière-plan, à l’éducation immunitaire.
En savoir plus : DefenseFinder, RefSeq predicted DB
Article de référence : Tesson F. et al., Peer Community Journal, 2024
