Pour qui se ressemble, ça semble croiser !

L’index d’éloignement PD peut prédire les peptides capables de réagir de façon croisée avec des anticorps IgE. : Ivanciuc O, Midoro-Horiuti T, Schein CH, Xie L, Hillman GR, Goldblum RM, Braun W.

Sealy Center for Structural Biology and Molecular Biophysics, University of Texas Medical Branch, 301 University Boulevard, Galveston, TX 77555-0857, United States ; Department of Biochemistry and Molecular Biology, University of Texas Medical Branch, 301 University Boulevard, Galveston, TX 77555-0857, United States.

dans Mol Immunol. 2008 Oct 22.

– Contexte :

• Des similitudes dans la séquence et la structure des allergènes peuvent expliquer les réactivités croisées observées cliniquement.
• La distinction des séquences qui se lient aux IgE du sérum du patient peut être utilisée pour identifier les séquences de protéines potentiellement allergéniques et peut aider à la conception de protéines hypoallergéniques.

– Méthode :

• L’index d’éloignement PD, intégré dans notre base de données des structures de protéines allergèniques (SDAP, http://fermi.utmb.edu/SDAP/), peut potentiellement identifier les segments cross-réactifs des protéines, sur la base de leur similitude avec des épitopes IgE connus.
• Nous avons cherché à obtenir la validation expérimentale de l’index PD comme indice quantitatif de prédiction d’IgE-réactivités croisées, par la conception de peptide variants avec scores PD prédéterminés par rapport à trois épitopes IgE linéaires de Jun a 1, l’allergène majeur du pollen d’un genévrier, Juniperus ashei.
• Pour chacun des trois épitopes, 60 peptides ont été conçus avec des valeurs croissantes de l’index PD (c’est-à-dire par similitude physico-chimique décroissante) par rapport à la séquence initiale.
• Les peptides synthétisés sur une membrane de cellulose ont été testés avec des sérums provenant de patients qui allergiques à Jun a 1, et les données expérimentales ont été interprétées avec une méthode de classification PD.

– Résultats :

• Les peptides à faible index PD pour un épitope donné étaient plus susceptibles de se lier aux IgE des sérums que ceux avec des valeurs PD supérieures à 6.
• Les séquences contrôle, avec des valeurs PD entre 18 et 20 pour les trois épitopes, ne se sont pas liées aux IgE du patient, validant ainsi notre procédure d’identification des peptides contrôle négatif.

– Conclusion :
-*L’index PD est une méthode statistiquement validée de détection des régions discrètes des protéines qui ont une forte probabilité de réaction croisée avec les IgE de patients allergiques.