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Montre moi ton génome et je te dirai si tu seras allergique...
dimanche 27 février 2005, par
La définition de l’atopie est difficile et son substratum physiopathologique l’est encore plus. Depuis longtemps de nombreux auteurs ont donc recherché s’il existait un gène de l’atopie dont l’étude apporterait de précieux renseignements avec des possibilités nouvelles d’applications thérapeutiques.
Un large criblage du génome dans une étude génétique sur l’atopie au sein d’une population européenne multiethnique révèle un locus majeur de l’atopie sur le chromosome 3q21.3. : T. Kurz1, J. Altmueller2, K. Strauch3, F. Rüschendorf2, A. Heinzmann1, M. F. Moffatt4, W. O. C. M. Cookson4, F. Inacio5, P. Nürnberg2,6, H. H. Stassen7, K. A. Deichmann1
1University Children’s Hospital, University of Freiburg, Freiburg, Germany ; 2Gene Mapping Center (GMC), Max Delbrueck Center for Molecular Medicine (MDC) Berlin-Buch, Berlin, Germany ; 3Institute for Medical Biometry, Informatics, and Epidemiology, University of Bonn, Bonn, Germany ; 4Wellcome Trust Centre for Human Genetic Disease, University of Oxford, Oxford, UK ; 5Laboratorio Immunologia, Hospital Setubal, Setubal, Portugal ; 6Institute of Medical Genetics, Charité University Hospital, Humboldt University, Berlin, Germany ; 7Psychiatric University Hospital Zurich, Research Group ’Psychiatric Genetics and Genetic Epidemiology, Zurich, Switzerland
dans Allergy 60 (2), 192-199.
– Introduction :
- Disséquer les maladies complexes pour identifier des traits phénotypiques sous-jacents distincts et en étudier la génétique, peut augmenter le pouvoir aussi bien que la spécificité de dépister les gènes de ces affections.
- Ces phénotypes sont appelés des phénotypes intermédiaires.
– Objectif de l’étude :
- Les auteurs se sont intéressés aux bases atopiques de l’asthme et ont utilisé la sensibilisation aux acariens (Dermatophagoïdes Pteronyssinus) comme phénotype intermédiaire important sur le plan physiopathologique
– Méthodologie :
- Les auteurs ont réalisé un criblage large du génome dans une même population déjà utilisée de patients européens multiethniques formés de 82 familles nucléaires avec au moins 2 enfants atteints.
- Il a été pris en compte aussi bien une analyse paramétrique que non paramétrique basée sur les génotypes de 603 marqueurs microsatellites.
– Résultats :
- Par rapport aux études initiales sur l’ensemble du génome portant sur la recherche des régions candidates, 3 nouvelles régions sont apparues significatives.
- Les résultats significatifs ont été obtenus :
- pour les régions 2p12 avec un score MOD de 3.35
- et pour la région 16q21 avec un score MOD de 4.18.
- Les résultats les plus significatifs sont trouvés pour la région 3q21.3 avec le même marqueur microsatellite, qui montrent un lien significatif avec la dermatite atopique dans une autre étude avec un score MOD de 4.51 et un lien non paramétrique de 4.
– Conclusion :
- Ces résultats montrent que l’atopie, l’asthme allergique, la rhinite allergique et la dermatite atopique d’un coté sont des traits distincts aussi bien sur le plan clinique que sur le plan génétique,
- mais d’un autre coté ces résultats laissent penser que ces traits sont des pathologies fortement liées, reposant sur une même base atopique.
Dans ce travail de génétique, les auteurs ont trouvé un locus majeur de l’atopie le 3q21.3, ainsi que deux autres régions qui sont fortement liées à toutes les maladies allergiques.
Ce travail est assez ardu pour qui n’a pas de grandes connaissances en génétique épidémiologique.
Le MOD-score permet d’estimer la probabilité d’un lien entre un gène et un trait phénotypique. A l’aide de ce calcul mathématique, les auteurs ont identifié des régions du génome qui sont fortement associées aux traits phénotypiques choisis.
Les microsatellites sont des séquences courtes d’ADN, un microsatellite correspondant à un locus unique parfaitement défini. En raison du polymorphisme très élevé de ces microsatellites qui sont répartis dans l’ensemble du génome, ils constituent d’excellents marqueurs génétiques.
A l’aide donc de ces différents outils, les auteurs ont mis en évidence un point commun à toutes les affections allergiques sur 3 régions qui coderaient donc les protéines de l’atopie.
Quels seront les débouchés ultérieurs de cette découverte ? Un meilleur suivi des populations, la mise au point de marqueur fiable de l’atopie qui pourrait être utilisé par exemple chez le très jeune enfant, une application thérapeutique après décryptage des séquences correspondantes du génome ?
Peut-être va-t-on enfin pouvoir bien caractériser l’atopie ?
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